A SEMA, órgão da Administração Direta do Poder Executivo do Estado do Amapá, foi criada para formular e coordenar as políticas de Meio Ambiente e fundiária do Estado.
No decorrer dos anos a estrutura administrativa do Governo do Estado passou por diversas alterações institucionais no âmbito de suas competências, seja com a criação de novos órgãos e/ou extinção de outros.
Em 1989, por meio do Decreto nº 0011, de 12/05/1989, foi criada a Coordenadoria Estadual do Meio Ambiente – CEMA, sendo regulamentada por meio do Decreto nº 0304, de 18/12/1991, com a finalidade de orientar a política de Meio Ambiente do Estado do Amapá, sendo que 1996, por meio da Lei nº 0267, de 09/04/1996, foi elevada ao status de Secretaria. (AMAPÁ, 1996)
A Lei nº 0338 de 16 de abril de 1997, transformou a Secretaria Estadual do Meio Ambiente em Secretaria de Estado do Meio Ambiente, Ciência e Tecnologia.
Porém, em 1999, a Lei nº 452 de 09 de julho de 1999, separou a área de Ciência e Tecnologia da área do Meio Ambiente, retornando à denominação de Secretaria Estadual do Meio Ambiente.
Em razão desta alteração, foi retirada da estrutura administrativa da SEMA a coordenadoria de Ciência e Tecnologia e o departamento de Gerenciamento Costeiro.
Por meio da Lei nº 0811, de 20 de fevereiro de 2004, foi implementado um novo modelo de organização do poder executivo do estado do Amapá. Nesta primeira versão a SEMA, teria a finalidade “a formulação e a coordenação das políticas de meio ambiente do Estado: apoiar e supervisionar as atividades desenvolvidas pelas suas entidades e exercer outras atribuições correlatas, na forma do regulamento”.
Neste primeiro momento, tem-se a SEMA como único órgão responsável pela gestão ambiental. Em 2007, após a criação do Instituto de Meio Ambiente e de Ordenamento Territorial - IMAP e do Instituto Estadual Florestal - IEF, a Lei nº 0811/2004 foi alterada pela Lei nº 1073/2007, que passou a prevê a seguinte competência para a SEMA, “Art. 56. A Secretaria de Estado do Meio Ambiente tem por finalidade formular e coordenar as políticas de meio ambiente, as fundiárias e as de ordenamento territorial do Estado do Amapá” (AMAPÁ, 2007).
A partir da criação do IMAP a SEMA sofreu alteração das suas competências. Pois, o Instituto passou a ser órgão executor das políticas de meio ambiente e fundiária, que até então eram exercidas pela Secretaria e, esta assumiu a competência de formular e coordenar estas políticas. Porém, além destas atribuições, a SEMA também ficou responsável pelas normas ambientais, gestão das unidades de conservação estaduais e pela política estadual de educação ambiental.
Tal estrutura perdurou até o ano de 2019, quando a gestão ambiental do Estado do Amapá passou por nova reestruturação, onde foi extinto o IMAP e o IEF, sendo suas competências ambientais e de gestão dos recursos florestais, respectivamente, foram incorporados pela SEMA.
A Lei n. 2.426/2019 reestruturou a SEMA com a incorporação das competências ambientais do IMAP, no caso, o licenciamento, fiscalização e monitoramento ambiental, bem como a gestão dos recursos florestais do IEF.
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