O Brasil com 13% da biodiversidade do planeta desponta entre os 17 países considerados megadiversos. Os produtos da biodiversidade têm papel relevante na economia nacional, com grande potencial a ser explorado, envolvendo espécies, biotecnologia e Serviços Ambientais. O Amapá contribui para a megadiversidade brasileira, pois a biodiversidade expressa em seu território contempla quatro ecossistemas terrestres: floresta, cerrado, campos inundáveis e manguezais, além de toda sua biota de água doce e marinha, contando ainda com uma condição estuarina diferenciada.
As florestas cobrem 77,5% do território amapaense. O alto índice de conservação desse ecossistema é refletido no seu índice de desmatamento acumulado até 2018 de apenas 2,72% da sua área florestal. O Amapá faz parte do Escudo das Guianas, um dos maiores blocos de floresta tropical primária do planeta, que se caracteriza com área de alta diversidade, baixo desmatamento e alta vulnerabilidade social.
No que tange à biodiversidade, é importante salientar a necessidade de vincular os conhecimentos tradicionais associados. Uma região tão biodiversa possibilita uma riqueza de relações das populações com seu meio, originando uma diversidade cultural e conhecimentos específicos, além da existência de redes de trocas de experiências, observadas por interesses comuns muitas vezes entre populações distantes e heterogêneas que compõem a diversidade de comunidades tradicionais no Amapá, a exemplo de povos originários, quilombolas, castanheiros, ribeirinhos, pescadores artesanais e outros.
Este programa, no âmbito do SECISA, mencionado na minuta de lei, terá como premissas a promoção da conservação e uso sustentável da biodiversidade com proteção aos direitos dos povos indígenas, comunidades tradicionais e agricultores familiares e de sua construção participativa.