O COEMA é composto por 25 Instituições sendo: 07 Instituições Estaduais (SEMA, SESA, SEINF, SEED, SEAF, MPE e ALAP), 04 Instituições Federais (FUNAI, UNIFAP, INCRA e IBAMA) e 14 Instituições representantes da sociedade civil (GTA, FIAP, AEATA, AEFA, FEPAP, ABES, APIO, COAM, CUT, UNA, MVV, ATAP, OAB e CPT).
SEMA - Secretaria de Estado do Meio Ambiente
SESA - Secretaria de Estado da Saúde
SEINF - Secretaria de Estado da Infraestrutura
SEED - Secretaria de Estado da Educação
SEAF - Secretaria de Estado da Agricultura, Pesca, Floresta e do Abastecimento (atual SDR - Secretaria de Desenvolvimento Rural)
MPE - Ministério Público do Estado do Amapá
ALAP - Assembleia Legislativa do Estado Amapá
FUNAI - Fundação Nacional do Índio
UNIFAP - Universidade Federal do Amapá
INCRA - Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária
IBAMA - Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis
GTA - Rede Grupo de Trabalho Amazônico
FIAP - Federação das Indústrias do Amapá
AEATA - Associação dos Engenheiros Agrônomos do Amapá
AEFA - Associação dos Engenheiros Florestais do Amapá
FEPAP - Federação dos Pescadores do Amapá
ABES - Associação Brasileira de engenharia Sanitária e Ambiental
APIO - Associação dos Povos Indígenas do Oiapoque
COAM - Conselho das Associações de Moradores
CUT - Central Única dos Trabalhadores
UNA - União dos Negros do Amapá
MVV - Movimento Verde Vivo
ATAP - Sindicato dos Técnicos Agrícolas do Estado do Amapá
OAB/AP - Ordem dos Advogados do Brasil Seção do Amapá
CPT - Comissão Pastoral da Terra