O SECISA terá como órgão gestor e regulador, a Secretaria de Estado do Meio Ambiente – SEMA/AP, que tem como finalidade gerir, coordenar, normatizar, elaborar e executar a Política Ambiental do Estado do Amapá, em especial a gestão de seus recursos florestais e hídricos e exercer, bem como a fiscalização, o monitoramento e o licenciamento ambiental e outras atribuições correlatas, na forma do Regulamento. Esta gestão se dará através da Diretoria de Desenvolvimento Ambiental – DDA e Coordenadoria para Clima e Serviços Ambientais – CCSA.
