Os programas do SECISA possuem objetivos comuns de incentivar e promover o desenvolvimento sustentável por meio da redução de emissões de GEE e da compensação pela conservação dos serviços ambientais. Cada programa pode conter subprogramas e projetos.
Cada programa participante do SECISA deve ter definido um cenário de linha de base específico, tanto ambiental quanto social, o qual será usado como referência para estabelecimento e acompanhamento de condicionantes, metas e cumprimento dos objetivos. Indicadores devem ser debatidos e escolhidos na elaboração dos cenários de linha de base, para que posteriormente possam ser acompanhados, monitorados e relatados. É importante observar que dois ou mais programas distintos podem ter alguns indicadores comuns entre si, como os programas de REDD+ e o de Conservação da Biodiversidade. A Política Estadual de Mudanças Climáticas e Incetivo à Conservação dos Serviços Ambientais - PECISA ressalta que é atribuição do Conselho a apreciação dos relatórios de monitoramento e que deve seguir padrões e metodologias estabelecidos internacionalmente.
